A Coordenação de Inclusão e Diversidade do IFTO busca desenvolver um trabalho de colaboração para o aperfeiçoamento dos processos educativos, especialmente dos grupos sociais historicamente excluídos da educação, como os negros, pardos, indígenas e pessoas com deficiência. Promover a ampliação de práticas pedagógicas que valorizem a diversidade e as diferenças na sala de aula é também a missão da Coordenação de Inclusão e Diversidade (CID). 

O Núcleo de Atendimento às Pessoas com Necessidades Específicas (Napne) é um órgão institucionalizado por intermédio do Programa Educação, Tecnologia e Profissionalização para Pessoas com Necessidades Educacionais Específicas – TEC NEP. O objetivo é a implantação e a consolidação de políticas inclusivas no IFTO, com vistas a garantir o acesso e a permanência do estudante com necessidades educacionais específicas nas áreas de ensino, pesquisa e extensão.

O Núcleo de Atendimento e Estudos Afro-Brasileiros e Indígenas (Neabi) do IFTO é constituído por grupos de ensino, pesquisa e extensão voltados para o direcionamento de estudos e ações alinhados às questões étnico-raciais. Está voltado para as ações afirmativas e em especial para a área do ensino sobre África, cultura negra e história do negro no Brasil, conforme prescrito na Lei n.º 10.639, de 9 de janeiro de 2003, e sobre as questões indígenas, conforme disposto na Lei n.º 11.645, de 10 de março de 2008, que normatiza a inclusão das temáticas nas diferentes áreas de conhecimento e nas ações pedagógicas.

O Núcleo de Atendimento aos Direitos Humanos e à Igualdade de Gênero (Nadhig) do IFTO é estruturado por grupos para desenvolver ações educativas de ensino, pesquisa e extensão ligadas às questões de gênero, diversidade e sexualidade. Tal núcleo tem por objetivo o cumprimento da legislação (nacional e internacional) direcionada à dignidade da vida humana, ao respeito às diferenças, à promoção da diversidade e à inclusão necessária para a eliminação do preconceito e da discriminação.